si dedica a Luigi Dallapiccola dal 1980, anno in cui il suo maestro di composizione, Carlo Prosperi, lo presenta a Laura Dallapiccola. Da allora la conoscenza del mondo dallapiccoliano si amplia sia sul versante musicale che su quello privato, grazie a una frequentazione assidua di Casa Dallapiccola. È quello il luogo di formazione - guidato dal rigore acuminato di Laura - in cui completa il suo impegno anche sul versante musicologico. Grazie a Laura, Ruffini diventa direttore ospite stabile al Teatro Nazionale dell'Opera e Balletto "M.P. Musorgskij" di San Pietroburgo (1990-1995). Da studioso pubblica nel 2002 L'opera di Luigi Dallapiccola. Catalogo Ragionato (Milano, Edizioni Suvini Zerboni), cui seguono altri volumi e oltre sessanta saggi sul compositore. Sempre nel 2002 riporta alla luce i critofilm degli anni Cinquanta dando avvio al "Progetto Luigi Dallapiccola", motore propulsivo di tutte le ricerche dedicate a "Musica e Arti figurative" e avviate a Casa Zuccari dal Kunsthistorisches Institut in Florenz – Max-Planck-Institut. Nel 2004 è segretario scientifico del Comitato Nazionale per le "Celebrazioni del primo centenario della nascita di Luigi Dallapiccola (1904-2004)", curando con Fiamma Nicolodi il convegno internazionale di studi a lui dedicato (Luigi Dallapiccola nel suo secolo). La Rai gli affida per il centenario un ciclo di dieci trasmissioni per Radio Tre Suite, Vita e opera di Luigi Dallapiccola. Nel 2005 scopre una trascrizione dallapiccoliana del 1940 da musiche seicentesche di Barbara Strozzi (Amor dormiglione), sfuggita a ogni indagine precedente. Da direttore d'orchestra realizza la prima incisione discografica di Tre Laudi e di Piccola musica notturna /b (Diapason 1989), e la prima esecuzione in Russia, con la Filarmonica di Leningrado, di Due Pezzi per Orchestra e di Variazioni per Orchestra (San Pietroburgo, 1994). Per Marsilio ha curato i volumi Sig.r Amadeo Wolfgango Mozarte. Da Verona con Mozart: personaggi, luoghi, accadimenti (2007) e Musica e Arti figurative. Rinascimento e Novecento (2008).